Il Maggiore Kusanagi ha finalmente creato la sua unità indipendente pronta all’attacco. Tuttavia la squadra è ancora affrancata dal sistema, e ogni membro è caratterizzato da personalità individuali che non possono essere modellate a suo piacimento. Il team dovrà fermare un gruppo terroristico che si ispira a Scylla, un guerrigliero che nel passato aveva guidato la rivolta nel Kurdistan. Questa, però, non è la sola minaccia che la neonata squadra dovrà affrontare, perché l’hacker chiamato Fire Starter ha finalmente incominciato il suo attacco per infettare i cyberbrains con il suo ponte virus..
